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    荧光定量PCR:基因相对表达量计算方法

    发布时间: 2020-08-18  点击次数: 618次

    荧光定量PCR之后计算目的基因的相对表达量一般采用2-△△ct的方法。我们还是假设对照组和处理组各有三个生物学重复(即对照组3cDNAcDNA1, cDNA2, cDNA3,处理组3cDNAcDNA4, cDNA5, cDNA6),三个技术重复(每个cDNA每个基因点三个孔)。

     

    1. 跑完程序后,先看一下溶解曲线。如果熔解曲线的峰比较单一,而且同一个基因的峰基本重合,说明没问题;如果峰比较杂乱,多峰,甚至压根没峰,证明结果不行,要么引物有问题,要么加样有问题,或者程序搞错了,总之自己要回想一下哪里出了问题。

     

    2. 将原始ct值按照如下格式输入excel中。

     

     

    3. 分别计算三个技术重复的ct值的平均值(注意,计算之前,先看一下三个ct值之间的差值,一般相互之间的差值不超过0.5)。

     

    荧光定量PCR:基因相对表达量计算方法(图2)

     

    4. 计算△ct值。用刚刚计算得到目的基因的平均ct值减去内参基因的平均ct值,即得到了△ct值。下图红色字体从下到下依次为cDNA1到cDNA6的目的基因平均ct值减去内参基因平均ct值。

     

     

    5. 计算△△ct值。下图蓝色数字为对照组的三个△ct(前三个值)平均值,红色数字为六个△ct值分别减去蓝色数字,即得到了△△ct值。

     

     

    6. 计算2-△△ct,如下图红色字体所示。

     

     

    7. 这样计算过程就结束了,接下来就是显著性分析以及作图(敬请关注后续推文,会详细说明)。分析结果表明处理组目的基因的表达量显著降低。

    上海里奇生物科技有限公司致力于生命科学领域的试剂和技术服务,试剂包括:小包装特价抗体,心血管研究抗体,优势细胞培养用血清,培养基,复杂难找的生物试剂等。技术服务包括:动物实验病理,及相关分子(PCR)蛋白(WB),细胞实验等基础实验。

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